Piotras Cimmperman

Posts by piotras

Vaistinių molekulių saveikos vietų identifikavimo ir vertinimo funkcijos kūrimas

Šiuo projektu sieksime prisidėti prie efektyvesnio vaistinių molekulių kūrimo. Funkcijos, skirtos vaistinių molekulių sąveikos su baltymais vietų (angl. druggable pockets) nustatyti ir įvertinti, kūrimas būtų orientuotas į platų taikymą akademijos ir farmacijos industrijose ieškant naujų vaistinių molekulių. Funkcijai keliami reikalavimai leistų ją naudoti ne tik analizėje, bet aktyviam „vaistinių kišenių“ ieškojimui naudojant pažangius molekulinės dinamikos (MD) simuliacijų metodus.

Į projektą įeitų vaistų kompleksų su baltymais analizė ir duomenų bazės kūrimas; sistemos mokymas (angl. machine learning) naudojant duomenų bazę; kintamųjų atranka ir funkcijos, skiriančių vaistams tinkamas ir netinkamas sąveikos vietas išvedimas; funkcijos integravimas į plačiai naudojamą atviro kodo programą (PLUMED;  http://www.plumed-code.org/home).Projekto dalyviai išmoks:
 – analizuoti simuliacijų duomenis ir sieti juos su ekperimentais;
– molekulinės dinamikos pagrindų ir naudotis MD programomis;
 – kurti ir analizuoti duombazes; sistemos mokymo pagrindų.
Reikšmingas projektų dalyvių indėlis bus pripažintas tarptautinės publikacijos metu, dalyviai bus kviečiami toliau prisidėti prie kodo vystymo.Pageidautinas sugebėjimai (bent vienas iš dviejų):
1) struktūrinės biologijos, biochemijos, fizikos, chemijos ar farmacijos pagrindai;
2) programavimo įgūdžiai; C/C++ kalbos mokėjimas būtų didelis privalumas.
Išankstinė pažintis su molekulinės dinamikos simuliacijomis nebūtina.

Susijusi publikacija, kurios pagrindu būtų kuriama nauja funkcija: http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct501072t

Mentrius: Vladimiras Oleinikovas

Skaityti toliau

Virtualios realybės taikymas gydant įvairios etiologijos vestibulinius sindromus

Šiuo projektu sieksime apibrėžti ir sukurti metodus kaip Virtuali realybė galėtų būti taikoma gydant įvairios etiologijos vestibulinius sindromus. Projekto tikslas – sukurti metodą ir Virtualios realybės prototipą, kuris būtų naudojamas pakeisti jau esamus gydymo ir reabilitacijos metodus šioje srityje, bendradarbiaujant su mokslininkais iš BPTI bei medikais, dirbančiais Vilniaus universiteto ligoninės Santariškių klinikose.

Projekto dalyviai:

– išmoks kurti turinį Virtualios realybės aplikacijoms;
– dirbs komandoje naudojant Agile metodologiją ir principus;
– išmoks registruoti ir vertinti tyrimų rezultatus;
– susipažins su realiomis medicinos problemomis neurologijos srityje;
– dirbs kartu komandoje su medikais, mokslininkais ir programuotojais.

Reikalavimai:

1) programavimo su C# ar kitomis atitinkamomis kalbomis įgūdžiai;
2) pageidautinos GIT repozitorijų žinios;

arba

1) medicinos, kineziterapijos ar tiksliųjų mokslų studijų pagrindai;
2) domėjimasis neurologijos ar otorinolaringologijos sritimi.

Sėkmingo tyrimo atveju rezultatai bus ruošiami kaip atskira publikacija.

Mentorius: Audrius Zujus

Skaityti toliau

Nepilotuojamo orlaivio skrydis virš elektros linijų

Šio projekto tikslas pasiekti, kad nepilotuojamas orlaivis praskristų virš elektros linijų užduotu tikslumu. Projekto metu išsiaiškinsime, kaip yra vykdomas autonominis orlaivio pakilimas ir nusileidimas, vystysime skrydžio maršrutas planavimo algoritmus, bei ištirsime, ar yra teisiniai apribojimai nepilotuojamam orlaivio skrydžiui Lietuvoje ir ką apie nepilotuojamų orlaivių skrydžius mano visuomenė.

Projekto dalyviai:
– susipažins su nepilotuojamo orlaivio sandara ir valdymo principais;
– Išmoks/vykdys kiekybinę apklausą;
– išmoks planuoti orlaivio maršrutą;
– dirbs tarpdisciplininėje komandoje.

Reikalavimai:
1) Fizinių arba technologinių mokslų studijų pagrindai (matematika, fizika, informatika, elektronika).
2) Domėjimasis nepilotuojamais orlaiviais.

Arba

1) Socialinių mokslų studijų pagrindai (teisė, sociologija).

Mentoriai: Vladas Taluntis ir Ingrida Gečienė

Skaityti toliau